1999年7月9日，李登輝總統發表「兩國論」

⭕1999年7月9日，李登輝總統發表「兩國論」

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1996年3月台灣首次舉行總統直選，李登輝當選台灣首位民選總統(美國AIT祝賀“首任民選總統"，而非"中華民國第九任總統")。1997年7月1日，香港主權移交給中華人民共和國，澳門也將於1999年12月20日主權移交給中華人民共和國。

香港回歸後，中共隨即主張「一國兩制」，對台灣的壓力益增，美國又不斷有人主張兩岸應簽訂中程協議，故李登輝指示成立「強化中華民國主權國家地位專案小組」研究對策。1999年5月，該小組研議以「特殊的國與國關係」為兩岸關係定位。並安排接受德國之聲專訪時，正式對外宣布。

1999年7月9日台北時間下午，李登輝在行政院新聞局局長程建人陪同下，於總統府接受德國之聲總裁迪特爾·魏里希、德國之聲亞洲部主任金特·克納貝（Günter Knabe）與德國之聲記者西蒙娜·德曼索（Simone de Manso）錄影專訪。這些來自德國之聲的媒體人問到「宣佈台灣獨立」與不被大多數台灣人民接受的「一國兩制」之間，是否有折衷的方案？李登輝答：「中華民國從1912年建立以來，一直都是主權獨立的國家，又在1991年的修憲後，『兩岸關係定位在特殊的國與國關係』，所以並沒有再宣佈台灣獨立的必要。」兩國論提出後，民進黨隨即附和，並聲明表示「『特殊的國與國關係』既是符合現實的，也是富有創造力的說法。

國民黨人在李登輝執政時期多半支持兩國論，例如連戰曾表示：「我們提出『特殊國與國關係論』的主張是基於維護國家尊嚴、保障人民權益的考量。」2000年，國民黨候選人連戰落選，國民黨失去政權，李登輝被迫辭去黨主席職務；連戰接任國民黨主席後，國民黨徹底拋棄李登輝的兩國論，重新回到「一中各表」立場。反倒，陳水扁獲選台灣第二位民選總統，發表四不一沒有政策，承諾不推動兩國論。第三位民選總統馬英九則發表「特殊非兩國論」，不是國家與國家之間的關係，是一種「特殊的兩岸關係」。

第四位民選總統蔡英文發表四個堅持，中共認為內容仍為「兩國論」，目標在追求台獨。第五位民選總統賴清德則於2024年10月10日，發表講話，提到了「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」。中共國台辦發言人陳斌華表示，賴清德是在鼓吹「新兩國論」。可見得兩國論對台灣主權定位影響深遠。